Carlos Araújo begann sein Flötenstudium an der Academia de Música de Vila Verde in Portugal. Bereits während seiner Schulzeit gewann er verschiedene Preise bei nationalen Wettbewerben. Seine Ausbildung setzte er in Lissabon fort und gewann im letzten Jahr seines Bachelor-Studiums den internen Wettbewerb der Hochschule. Daraufhin trat er als Solist mit dem Hochschulorchester in Erscheinung. 2017 schloss er ein zweijähriges weiterführendes Studium an der renommierten Escuela Superior de Música Reina Sofia (Madrid) unter der Leitung von Jacques Zoon ab. Im selben Jahr begann Carlos Araújo ein Masterstudium an der Hochschule für Musik und Tanz Köln in der Klasse von Professor Robert Winn. Während seines Masterstudiums gewann er den 1. Platz im hochschulinternen Wettbewerb und den 3. Platz im Internationalen Wettbewerb von Alto Minho (Portugal). Er erhielt auch ein Stipendium der GDA-Stiftung und ist Stipendiat der Stiftung Live Music Now. In den Jahren 2019/20 absolviert er ein Orchesterpraktikum bei der Nordwestdeutsche Philharmonie Philharmonie in Herford. Von 2020 bis 2024 studiert er an der Folkwang Universität der Künste (Essen) bei Anne-Cathérine Heinzmann im Masterstudiengang Orchesterspiel.
Seit 2021 ist Carlos Araújo als 2. Flötist mit Piccolo Mitglied des Philharmonischen Orchester Regensburg.