Eileen von Hoyningen Huene studierte zuerst Zeitgenössische Puppenspielkunst an der Hochschule für Schauspielkunst Ernst Busch, ehe sie 2021 ihr Schauspielstudium an der Hochschule für Musik und Theater Hamburg aufnahm und 2025 abschloss. 2019 spielte sie am Musiktheater im Revier in der Oper FRANKENSTEIN unter der Regie von Sebastian Schwab, 2020 am Theater St. Gallen in DER PROZESS unter der Regie von Jonas Knecht. Von 2022 bis 2024 spielte sie am Deutschen Schauspielhaus Hamburg in HERR DER DIEBE unter der Regie von Markus Bothe und am jungen Schauspielhaus NILS HOLGERSSON RETTET EUROPA? unter der Regie von Till Doğan Ertener und Lena Reißner. Während ihres Studiums spielte sie außerdem in verschiedenen studentischen Abschlussproduktionen, welche am Thalia Theater und am Schauspielhaus Hamburg zu sehen waren.
Ab der Spielzeit 2025/26 ist Eileen von Hoyningen Huene festes Ensemblemitglied am Theater Regensburg.