Marko E. Weigert begann seine Ballettausbildung bereits im Alter von sechs Jahren und wechselte mit zehn Jahren an die renommierte Palucca Hochschule für Tanz Dresden. Später studierte er Tanzpädagogik und Choreografie an der Hochschule für Musik und Theater Felix Mendelssohn Bartholdy Leipzig. Engagements als Tänzer, Schauspieler und Sänger führten ihn nach Berlin, Wien, Athen und Schwäbisch Hall.
1999 gründete er gemeinsam mit Sommer Ulrickson und Dan Pelleg die wee dance company, die mit rund 30 Produktionen international – unter anderem in 16 verschiedenen Ländern – gastierte. Von 2011 bis 2024 war die Compagnie am Gerhart-Hauptmann-Theater Görlitz-Zittau ansässig, wo Weigert als Ballettdirektor wirkte und zusammen mit Pelleg, zusätzlich zu den 23 abendfüllenden Tanzstücken der Compagnie, die Choreografien für etwa 40 Musiktheater- und Schauspielproduktionen verantwortete. Darüber hinaus choreografierte er unter anderem für Cabaret in der Inszenierung, Lichtregie und Ausstattung von Sebastian Ritschel an der Oper Magdeburg sowie als Gast beim Ballett Saarbrücken.
Als Choreografieassistent arbeitete er mit Andreas Homoki und Vasily Barkhatov. Zuletzt kehrte er auch als Tänzer auf die Bühne zurück, unter anderem in Produktionen von Claus Guth an der Opéra-Comique, in Aix-en-Provence sowie an der Oper Frankfurt.