Silke Heise studierte Germanistik und Theaterwissenschaft in Erlangen und Berlin, bis sie nach Wien wechselte, um dort am Max-Reinhardt-Seminar ihre Schauspielausbildung zu absolvieren (1992–1996). Bereits während der Ausbildung spielte sie am Theater in der Josefstadt in Wien und bei den Bregenzer Festspielen. Ihr erstes festes Engagement hatte sie am Schauspielhaus Zürich. Es folgten zahlreiche Engagements als Gast oder fest am Deutschen Theater Göttingen, am Deutschen Theater in Berlin, am Theater Koblenz, am Stadttheater Pforzheim, am Pfalztheater Kaiserslautern, am Theater Rampe in Stuttgart, in der Münchner freien Szene, an den Münchner Kammerspielen und am Münchner Volkstheater, sowie bei den Burgfestspielen Bad Vilbel und am Stadttheater Fürth.
Seit der Spielzeit 2006/07 ist Silke Heise als festes Ensemblemitglied am Theater Regensburg engagiert. Hier spielte sie Kleists Penthesilea und Ibsens Nora, sowie Antigone, Medeia und Klytaimnestra (in Iphigenie – Triumph und Trauma). Neben vielen weiteren Rollen war sie zu sehen als Linda Christie in Spiel's nochmal, Sam, als Lady Milford in Kabale und Liebe, als Katja Grabowski in Frau Müller muss weg, als Marthe in Faust, als Sára in Hungaricum, als Katharina in Ein großer Aufbruch sowie in zeitgenössischen Stücken und Adaptionen wie Vermögend, Lehman Brothers, Wadzeks Kampf mit der Dampfturbine, Locker Room Talk, Die Steigerung des Glücks, Jenseits von St. Emmeram (Heidi u.a.), Minona (Sprecher), Oslo (Marianne Heiberg/Toril Grandal), Paare (Katja), QualityLand, Nathan (Chorführerin), Tartuffe (Elmire) und Liebe/Eine argumentative Übung. In der Spielzeit 2021/22 war sie als Aase in Peer Gynt (she/her), als Babette Biedermann in Biedermann und die Brandstifter und als Natalja Petrowna in Drei Tage auf dem Land zu erleben. Außerdem arbeitet Heise für Film und Fernsehen und als Sprecherin.